Атлас содержит систему карт, тесно увязанных между собой и друг друга дополняющих. В целом комплексный атлас можно рассматривать как модель географической системы (геосистемы).

Система карт атласа делится на разделы, и в каждом из них есть основная и дополнительные карты. На аналитических картах представлены отдельные подсистемы (например, рельеф, почвы, климат) и компоненты геосистем (скажем, в подсистему карт климата входят карты осадков, температур, преобладающих ветров и т.п.). Единство раздела (или подраздела) достигается увязкой всех карт с основной, а таксономическая соподчиненность элементов содержания каждой карты обеспечивается логикой ее легенды и подбором изобразительных средств — тем самым моделируется иерархия компонентов геосистемы.

Взаимодействие компонентов геосистем находит отражение на комплексных и комплексно-синтетических картах таких, например, как карты взаимодействия ветров и океанических течений или карты распределения населения по отраслям промышленности.

Взаимосвязь и интеграцию элементов геосистемы показывают на синтетических картах атласа, например на картах ландшафта, экологической оценки природных и социальных условий жизни населения. Среди этих карт большинство относится к типу оценочных.

В атласах есть и карты, характеризующие динамику геосистем, процессы переноса вещества и энергии, например перемещение отложений водных масс, перевозки промышленных товаров, транспортировку нефти и газа и многое другое. А тенденции развития отражают на прогнозных картах.

Таким образом, комплексные атласы моделируют основные свойства геосистем, причем одно из главных достоинств этой сложной модели состоит в том, что информация дается в систематизированном, формализованном и единообразном виде. Именно благодаря этому атлас является геоинформационной системой, он служит прообразом современной компьютерной ГИС. Более того, ГИС нередко создают на основе атласов.