Особенностями нивелирования через реки и другие водные пространства являются: 1) необходимость визирования в трубу нивелира на большие расстояния; 2) искривление луча визирования, проходящего над водной поверхностью. Оба эти обстоятельства ведут к значительному снижению точности нивелирования, если не принять специальных мер, которые состоят в следующем: 1) уменьшение длины визирного луча путем использования естественных островов и устройства искусственных стоков (на сваях) для нивелира; 2) поднятие луча визирования возможно выше над водой; 3) отсчитыванпе по рейкам с помощью передвигающихся по ним целиков; 4) нивелирование по особой схеме, помогающей уменьшить вредное влияние на точность отсчетов по рейкам насыщенного влагой воздуха, вызывающего искривление луча визирования, а также вредное влияние возможного изменения положения визирной оси при разных расстояниях от нивелира до задней и передней реек.

Наиболее надежным средством для исключения влияния влажного воздуха, искривляющего визирный луч, являются многократные отсчеты по нивелирным рейкам, сделанные в разные часы суток и в разные дни при различных метеорологических условиях. Лучшие результаты получаются при работе в прохладную и ветреную погоду. Кроме того, для сравнения полученных превышений между точками, расположенными на разных берегах, следует вести работу одновременно двумя нивелирами, установленными на разных берегах.

Чтобы избежать влияния смещения визирной оси при изменении фокусировки, следует вести работу по методу «нивелирования вперед». Для этого нужно установить каждый нивелир так, чтобы его окуляр был на одной отвесной линии с репером, и тогда высоту инструмента измеряют (лучше нивелирной рейкой) от репера до центра окуляра. Нивелиры устанавливают сбоку от прямой, соединяющей реперы обоих берегов, чтобы не затруднять отсчитывание.

Нивелирование через овраги (ущелья, балки) целесообразно выполнять, передавая высоты сразу с одного берега на другой с закреплением точек на каждом из них. В этом случае уменьшаются ошибки нивелирного хода. Для построения профиля оврага между точками на его берегах прокладывают особый короткий ход.