Вместе с тем, отмеченные достоинства органических удобрений пока еще не используются в полной мере ввиду особенностей современного животноводства. Как справедливо отмечает Я.Я. Яндыганов [614], курс на концентрацию и специализацию этой отрасли привел к созданию крупных комплексов. Их строительство потребовало создания соответствующей системы удаления навоза, основанной на гидросмыве. Намереваясь увеличить объемы производства продукции животноводства, мы пренебрегли проблемами утилизации и переработки животноводческих стоков, на долю которых приходится 65% от общего объема выхода животноводческих отходов [225]. В результате было потеряно огромное количество органических удобрений, которые могли бы использоваться для повышения плодородия почв. Значительная часть жидкого навоза стала источником загрязнения водных объектов. Такие же проблемы возникли и в птицеводстве. По мнению Я.Я. Яндыганова, эти примеры наглядно показывают, что в современном сельском хозяйстве произошел разрыв связей в объективно возможной системе "животноводство — растениеводство", что является причиной возникновения экологоэкономических проблем.

При изучении влияния жидкого навоза на плодородие почв и урожайность культурных растений было установлено, что он по своему действию приближается к минеральным удобрениям, что объясняется хорошей доступностью питательных веществ. При этом у жидкого навоза по ряду причин существенно изменяется способность влиять на почвенную микрофлору. Однако она может быть восстановлена. С этой целью навоз должен подвергаться компостированию. Основными компонентами для приготовления компостов служат торф и солома. После их перемешивания с жидкими навозными стоками в бурте усиливается микробиологическая деятельность, многократно увеличивается численность микроорганизмов, органическое вещество подвергается интенсивной биохимической трансформации, и поэтому компосты по своему действию не уступают подстилочному навозу.